Immer wieder richten Tierseuchen große Schäden an. Oftmals müssen Zehntausende Tiere getötet werden, ganze Regionen werden abgeriegelt, es gelten Verkaufsbeschränkungen. Die schlimmsten Seuchen:

Die Maul- und Klauenseuche (MKS) ist eine Viruserkrankung, die extrem leicht von Tier zu Tier übertragbar, für den Menschen aber ungefährlich ist. Typische Merkmale sind Blasen und nässende Hautveränderungen an Lippen, Zunge und an den Klauen der Tiere. Wegen der extrem hohen Ansteckungsgefahr müssen alle Klauentiere des betroffenen Betriebes getötet werden; zudem werden strenge Handelsbeschränkungen auferlegt. Der letzte MKS-Ausbruch in Deutschland war 1988.

Ein neues Phänomen ist die Blauzungenkrankheit bei deutschen Rindern. Ursprünglich trat die durch Stechmücken übertragene fiebrige Viruserkrankung nur südlich des 44. Breitengrades auf (etwa in Südeuropa) auf, wandert durch den Klimawandel aber nordwärts. Im August 2006 tauchte sie in Deutschland auf. In diesem Jahr wurden bis zum 6. Juni bereits 2044 Fälle registriert.

Die berühmteste Rinderseuche ist BSE (Bovine Spongiforme Enzephalopathie), eine schwammartige Hirnkrankheit, die im Zusammenhang mit der Verfütterung von Tiermehl zunächst in Großbritannien, seit 2000 auch in Deutschland auftrat. Da der Verdacht besteht, dass BSE-verseuchte Rinderprodukte beim Menschen eine neue Variante der Creutzfeldt-Jakob-Krankheit auslösen können, müssen alle Schlachtkörper von mehr als 30 Monate alten Rindern getestet werden. Die meisten BSE-Fälle (125) wurden 2001 registriert, 2007 waren es vier, in diesem Jahr gab es bislang einen Fall.

Der jüngste Ausbruch der klassischen Schweinepest trat 2006 in Nordrhein-Westfalen auf. Die ansteckende, mit Fieber verlaufende unheilbare Krankheit befällt Haus- und Wildschweine, ist für den Menschen jedoch ungefährlich. Um die Ausbreitung zu vermeiden, werden meist nicht nur die Schweine des betroffenen Betriebs, sondern auch benachbarter Höfe getötet.

Die Geflügelpest kam 2003 in die Schlagzeilen, als der aggressive Virustyp H5N1 in Südostasien grassierte, sich auf Menschen übertrug und Todesopfer forderte. Im Herbst 2005 gelangte die Vogelgrippe nach Europa. Im Juli 2007 gab es zwei Ausbrüche in bayerischen Entenmastbetrieben, bei denen jeweils 170 000 Tiere getötet wurden.