Die Anteile der HHLA, die zuvor allein bei der Stadt Hamburg lagen, wurden Ende 2007 zu etwa einem Drittel an der Börse notiert. Eine weitergehende Privatisierung hatten die gewerkschaftlich gut organisierten Hafenarbeiter verhindert, die Stellenstreichungen fürchteten.

Der Containerumschlag der HHLA ging im vergangenen Jahr um etwa ein Drittel auf rund fünf Millionen Einheiten (TEU) zurück. Trotz der Folgen der Weltwirtschaftskrise hat die HHLA auch 2009 einen Gewinn erwirtschaftet. Bei einem Umsatz von 988 Millionen Euro betrug der operative Gewinn (Ebit) den vorläufigen Zahlen zufolge 176 Millionen Euro. Im Jahr 2008 hatte das Unternehmen bei 1,3 Milliarden Euro Umsatz 358 Millionen Euro operativen Gewinn erzielt.

Die HHLA beschäftigt derzeit rund 4800 Mitarbeiter. Das größte Hamburger Hafenunternehmen betreibt unter anderem auch das Massengutterminal Hansaport und den Fruchtumschlag auf dem O'Swaldkai. Die HHLA bietet zudem andere Logistikdienstleistungen wie Containerbahntransporte an.