Das 2005 geschaffene europäische Emissionshandelssystem für CO₂ wird ab 2012 auch den europäischen Flugverkehr einbeziehen. Fliegen wird dadurch moderat teurer, weil dann die Fluggesellschaften ein Recht auf die Abgabe von CO₂ besitzen müssen. Außereuropäische Airlines klagen dagegen beim Europäischen Gerichtshof.

So funktioniert der Emissionszertifikathandel: Die zulässigen CO₂-Emissionen werden gedeckelt und in handelbare Emissionszertifikate aufgeteilt. Zu Beginn erhält eine Fluggesellschaft für rund 80 Prozent ihrer Emissionen aus dem Jahr 2005 gratis Zertifikate. Den Rest müssen sie entweder in einer Auktion ersteigern oder sie müssen CO_2-Emission vermeiden.

Für die Einbeziehung des Flugverkehrs sprechen neben Fairnessgründen anderen Branchen gegenüber vor allem positive Anreizwirkungen. Werden die Kosten der Allgemeinheit durch die Emission von Klimagasen den Firmen und ihren Kunden zugerechnet, werden sie sich bemühen, weniger zu emittieren. Dies führt zum Beispiel zu mehr Energieeffizienz im Flugverkehr oder auch zu steigender Nachfrage bei der Bahn.

Darüber hinaus können die Vorteile des Emissionshandels besser ausgenutzt werden, wenn möglichst alle relevanten CO₂-Quellen, also auch der Flugverkehr, erfasst werden. Handel von Emissionsrechten hilft, Kosten zu sparen. Dahinter steckt folgender Mechanismus: Das Recht, eine Tonne CO₂ zu emittieren, kostet augenblicklich etwa 14 €. Ein Unternehmen wird versuchen, kein oder zumindest weniger CO₂ an die Umwelt abzugeben, so lange die dabei anfallenden Kosten 14 Euro pro Tonne nicht überschreiten. Es wird zudem auch bereit sein, einen Teil seiner Gratiszertifikate zu verkaufen, wenn die Vermeidungskosten je Tonne unter 14 Euro liegen. Umgekehrt kaufen die Firmen Zertifikate nach, deren Vermeidungskosten oberhalb von 14 € liegen. Die Zertifikate und damit die insgesamt zulässigen Emissionen landen somit bei Firmen mit relativ hohen Vermeidungskosten, während Klimaschutz dort betrieben wird, wo er zu den relativ geringsten Kosten erreicht wird.

Der Protest der Airlines steht noch aus einem weiteren Grund auf wackligen Beinen. Zumindest in der Anfangsphase erhalten die Fluggesellschaften Zertifikate geschenkt. Der wirtschaftliche Wert des Geschenks hängt vom Zertifikatpreis an der Börse ab. Da dieser aufgrund der Knappheit von Emissionsrechten in der Zukunft deutlich über 14 Euro liegen wird, fällt keine Airline ins Bergfreie. Dies gilt auch für die außereuropäischen Fluggesellschaften. Eine Diskriminierung ist nicht erkennbar.