Binnenschifffahrt kann nach Auffassung von Umweltschützern nur bedingt als Öko-Alternative zu Straße und Schiene herhalten: „Entlang des Rheins gibt es eine Schadstoffbelastung wie an einer viel befahrenen Autobahn“, so Dirk Jansen vom BUND. Eine Studie des Landesumweltamtes etwa zeige auf, dass Binnenschiffe viel Feinstaub in die Luft pusteten.
Statt den Rhein zu vertiefen müssten Alternativen ins Auge gefasst werden, so der Einsatz von Schiffen mit optimierter Navigationstechnik. Zudem müsse bei bestehenden Häfen die Infrastruktur verbessert werden.