Die FC Bayern München AG ist eine Aktien- und Tochtergesellschaft des Vereins FC Bayern München sowie von Audi und Adidas. Nach einer Kapitalerhöhung vor drei Jahren hält der FC Bayern München e. V. 81,8 Prozent der Anteile, die Firmen Audi und Adidas halten jeweils 9,1 Prozent. Der Vorstandsvorsitzende ist Karl-Heinz Rummenigge, Aufsichtsratsvorsitzender ist Uli Hoeneß. Im neunköpfigen Aufsichtsrat sitzen mit Herbert Hainer (Adidas) und Rupert Stadler (Audi) auch die Vorstandsvorsitzenden der Anteilseigner.

167 Millionen Euro hat Bayern durch den Anteilsverkauf an Adidas (bezahlte 2002 77 Millionen Euro) und Audi (bezahlte 2010 und 2011 90 Millionen Euro) eingenommen. Zuletzt gab es auch immer wieder Spekulationen über den Einstieg eines dritten strategischen Partners. Eine ähnlich hohe Summe ist bei einer Umwandlung des HSV in eine Kapitalgesellschaft aber ausgeschlossen, da der Wert des HSV sehr viel geringer eingeschätzt wird.