Die erste Profistation von Andreas Fischer war 1987 der BVL 08 Remscheid in der Zweiten Liga (30 Einsätze). 1989 wechselte der Mittelfeldspieler zu Bayer Leverkusen, absolvierte bis 1994 151 Bundesligaspiele (13 Tore). Nach seinem Transfer zum HSV (Ablöse 1,2 Millionen Mark) bestritt Fischer zwischen 1994 und 2001 152 Erstligaspiele (sieben Tore).

In seiner letzten Saison als aktiver Fußballer kam er 2001/02 in der Regionalliga Nord für Rot-Weiß Essen noch auf 20 Partien. Als Cheftrainer betreute er Regionalligaabsteiger SC Verl von Juli 2003 bis Juni 2004 für eine Saison, schaffte aber als Vizemeister nicht den Wiederaufstieg.