Schutzräume für Frauen sind keine Erfindung der Moderne. In vergangenen Jahrhunderten wurde diese Aufgabe beispielsweise in Europa von Klöstern wahrgenommen. Ein Beispiel für den außereuropäischen Raum sind die Kakekomi-dera (dt. Fluchttempel) in Japan, die geflohenen Frauen Schutz vor häuslicher Gewalt boten.

Das erste Frauenhaus modernen Zuschnitts wurde 1964 von einer Ortsgruppe der Anonymen Alkoholiker in Kalifornien gegründet, um den Familienangehörigen von Alkoholikern eine Zuflucht zu bieten.

Das erste Frauenhaus in Westeuropa entstand 1971 im britischen Chiswick. Die Gründerin Erin Pizzey hatte von der Stadtverwaltung ein Haus für eine Begegnungsstätte für Frauen zur Verfügung gestellt bekommen, die so viele Frauen mit Gewalterfahrungen in Ehe und Partnerschaft anzog, dass sie bald ein neues größeres Haus speziell für diesen Bedarf suchen musste.

1976 wurden in Berlin und Köln, in den darauf folgenden Jahren auch in anderen deutschen Städten Frauenhäuser gegründet. Sie waren Projekte der autonomen Frauenbewegung und sollten der gleichberechtigten Begegnung von Frauen mit und ohne Gewalterfahrungen, dem gemeinsamen Lernen und politischer Erfahrung dienen. Dieser Anspruch entsprach jedoch nicht den Erwartungen und Bedürfnissen der Zuflucht suchenden Frauen, sodass Elemente der klassischen Sozialen Arbeit in den Vordergrund traten.

Die darauffolgend gegründeten Frauenhäuser der Wohlfahrtsverbände und der kirchlichen Verbände waren von Anfang an rein karitativ und sozialarbeiterisch orientiert. So geht aus den 1982 veröffentlichten Arbeitsgrundlagen der Arbeitgemeinschaft der Deutschen Frauen- und Kinderschutzhäuser als Schwerpunkt die Unterstützung und Stabilisierung der Familie und die Zusammenarbeit mit den gewaltätigen Männern hervor.

Mit ihrer Etablierung sollte explizit ein nicht feministisches Angebot für hilfsbedürftige Frauen geschaffen werden. Neben konzeptionellen Unterschieden unterscheiden sich nichtautonome von autonomen Frauenhäuser in ihrer hierarchischen Organisation und ihrer Finanzierungsausstattung. Die konzeptionelle Rivalität zwischen beiden Formen von Frauenhäusern wurde dadurch gestärkt, dass den finanziell besser ausgestatteten Trägern der verbandlich organisierten Frauenhäuser Übernahmen autonomer Frauenhäuser gelangen. Mittlerweile haben sich autonome und verbandliche Frauenhäuser in ihren Konzepten einander jedoch angenähert und arbeiten auch auf politischer Ebene eng zusammen.