Erst mit 32 Jahren tritt Anja Hajduk 1995 in die GAL ein. Danach geht ihre Parteikarriere sehr schnell. Erst ist sie ab 1997 haushaltspolitische Sprecherin in der Bürgerschaft, dann wird sie in den Fraktionsvorstand gewählt.

Seit 1998 ist sie Vollzeitpolitikerin, 2001 wird sie Parteivorsitzende und zieht in den Bundestag ein. Dort erarbeitet sie sich den Ruf als Haushaltsexpertin. 2008 kehrt sie nach Hamburg zurück, wird Senatorin für Stadtentwicklung und Umwelt (bis 2010).