Der Harburger Binnenhafen kann nur über die Harburger Schleuse erreicht werden. Die Schleuse ist rund um die Uhr besetzt, an jedem Tag des Jahres. Gewünschte Schleusenzeiten können per UKW-Funk auf Kanal 13 mit Rufzeichen "Harburg Lock" oder per Telefon unter der Nummer 040/428471351 angemeldet werden. Die Schleuse liegt bei Elbkilometer 615 an der Süderelbe. Seine geografischen Daten sind 53,47 Grad nördliche Breite und 9,99 Grad östliche Länge.

Das Yachtzentrum Harburg liegt im nördlichen Teil des Hafens, im sogenannten Überwinterungshafen. Etwa 100 Liegeplätze bietet das Yachtzentrum. Die Anmeldung von Gastliegern ist erwünscht. Diese können sich unter der Nummer 040/32908630 bei Hafenmeister Hermann Friedemann ankündigen.

1,10 Euro kostet das Liegen am Harburger Yachtzentrum pro angefangenen Meter. Strom und Wasser werden nach Verbrauch abgerechnet. Die Sanitäranlagen wurden 2004 komplett erneuert. Leihfahrräder kosten fünf Euro pro Tag. Statt einer Slipanlage steht ein Kran zur Verfügung, der bis zu 18 Tonnen Gewicht tragen kann.