Die Stadt zahlt an den Betreiber des Leihsystems ein sogenanntes Betreiberentgelt. Darin sind laut Senat „sämtliche Kosten für die Fahrräder, die Abstellplätze, die Stationsterminals sowie den vollständigen Betrieb des Systems enthalten“. Zahlte die Stadt beim Start im Jahr 2009 noch rund 1,1 Millionen Euro an Betreiber DB Connect, so waren es 2015 bereits knapp zwei Millionen Euro. Hinzu kommen Kosten für die Erstellung neuer Stationen.

StadtRad-Kunden fahren in den ersten 30 Minuten kostenlos. Von Minute 31 an zahlen sie acht Cent pro Minute. Für HVV-Abonnenten und BahnCard-Inhaber liegt der Minutenpreis bei sechs Cent. Leiht man das Rad für 24 Stunden, so werden 12 Euro fällig.